এনবিআর বিলুপ্ত করে অধ্যাদেশ জারি করার পর সরকারের পক্ষ থেকে ‘রাজস্ব নীতি বিভাগ’ এবং ‘রাজস্ব ব্যবস্থাপনা বিভাগ’ নামে দুটি নতুন প্রশাসনিক ইউনিট গঠন করা হয়েছে। এই বিভাগগুলোর দায়িত্ব ও কাঠামো একে অপরের থেকে স্বতন্ত্রভাবে নির্ধারিত হয়েছে। রাজস্ব নীতি বিভাগ মূলত কর আইন প্রণয়ন ও তা পর্যবেক্ষণের কাজ করবে, অন্যদিকে রাজস্ব ব্যবস্থাপনা বিভাগ রাজস্ব সংগ্রহ ও বাস্তবায়নের দায়িত্ব পালন করবে।

নতুন গঠিত এই কাঠামোতে বিসিএস আয়কর ও কাস্টমস ক্যাডারের অনেক কর্মকর্তার মতামত উপেক্ষা করা হয়েছে বলে জানা গেছে। এনবিআর বিলুপ্ত করে অধ্যাদেশ জারি করার বিষয়টি দীর্ঘদিন ধরেই আলোচনায় থাকলেও, তা বাস্তবায়িত হয়েছে সম্পূর্ণ গোপনীয়ভাবে, যেখানে সংশ্লিষ্টদের মতামত নেওয়া হয়নি বলেও সমালোচনা হচ্ছে।

নতুন অধ্যাদেশে রাজস্ব ব্যবস্থাপনা বিভাগের প্রশাসনিক পদগুলোতে প্রশাসন ক্যাডার কর্মকর্তাদের পাশাপাশি আয়কর ও কাস্টমস ক্যাডারের কর্মকর্তাদের জায়গা দেওয়া হয়েছে। যদিও এটি একটি ভারসাম্যপূর্ণ পদক্ষেপ হিসেবে দেখা হচ্ছে, অনেকেই বলছেন, এনবিআর বিলুপ্ত করে অধ্যাদেশ জারি করার মাধ্যমে দীর্ঘমেয়াদি চ্যালেঞ্জ সৃষ্টি হতে পারে, বিশেষ করে পলিসি ও অপারেশনের মধ্যে সমন্বয়ের ক্ষেত্রে।